El escudo de la Hermandad está formado por la Cruz arbórea en sinople, reproducción de las existentes en las antiguas varas de la Hermandad. El Sagrado Leño, se acompañada de dos escudos acolados. El diestro trae sobre campo gulés, la Cruz de Malta en plata (símbolo alusivo a la imagen de San Juan), sus ochos puntas representan las bienaventuran, junto con la palma y el laurel símbolo de la victoria y el martirio. El siniestro trae sobre campo oro el abrazo franciscano y las Cinco Llagas de Ntro. Señor Cristo, emblema de la comunidad franciscana en cuyo convento se fundó la Hermandad en el siglo XVI, y que representa la íntima y y secular unión entre la Hermandad y la comunidad religiosa que fomentó y administró su culto en nuestra localidad. Entre ambos escudos y al pie de la Cruz, se sitúa una Granada, alusiva a la parroquia que la alberga y donde tiene su residencia canónica se representa cargada con un listel en faja alusiva a la leyenda de la Santa Cruz utilizada por el Emperador Constantino: In Hoc Signo Vinces (con este signo vencerás) mientras al pie de la Cruz, el listel recoge la leyenda: Ecce Lignum Crucis in quo salus mundi pependit (mirad al árbol de la Cruz de donde pende la salvación el Mundo). Todo ello se muestra timbrado por la corona española y por el toisón de Isabel II, que le concede el título de Real y acepta el título de Hermana Honoraria.

Carta de Hermandad y título de Franciscana otorgado a la Hermandad por la Comunidad Franciscana de la Provincia Bética de Andalucía el 19 de mayo de 1999. Tras toda una vida de relaciones con la comunicad franciscana, en cuyo convento se fundó la cofradía, la Hermandad estrechó sus vínculos a traves de la carta de Hermandad. Siendo la primera moguereña en contar con ella.